Српски архиепископ Арсеније I (наследник Светог Саве) подигао је цркву Светих Апостола и пренео своје седиште у Пећ (Метохија); црква је осликана 1250. године.

У комплексу потоње Пећке патријаршије, северно, такође је изграђена црква Светог Димитрија 1320. од стране архиепископа Никодима. Његов наследник Данило II, познати српски писац, државник, чак и ратник, саградио је још један храм на јужном крају Светих Апостола и посветио га Богородици Одигитрији. Нешто касније придодао јој је малу цркву Светог Николе. Дуж прочеља три међусобно повезане цркве подигао је и монументални нартекс са кулом испред њега. У време архиепископа Јоаникија, 1345. године, осликана је црква Светог Димитрија. Током XIV века извршене су поправке на Светим Апостолима, тако да су касније делови осликани.

Тешка времена погодила су комплекс током раних година турске окупације. Обнављањем Пећке патријаршије Србије 1557. године, место је добило кључну духовну и политичку улогу. 1565. године нартекс је обојен и иконостас обновљен. Фреске су освежене 1620-21. Док је патријарх Пајсије држао престо, Свети Апостоли су обновљени, а 1633-34. западни део је префарбан, јер су старе фреске озбиљно оштећене. У време патријарха Максима, 1673-74. Свети Никола је насликан. Током рата између Турака и Аустријанаца, у којем су се Срби борили на хришћанској страни, Патријаршија је била тешко оштећена. Ризница је превезена у Грачаницу и сакривена у једној од њених купола, међутим, турски побуњеник и бандит Ј. Паша је пронашао и однео 1688. године: требало му је девет коња да је однесе. 1690. патријарх Арсеније III Чарнојевић морао је да напусти престо пре турске офанзиве коју су предводили татарски и албански илегалци и склонио се у Београд. Након што су Турци заузели Београд, у октобру 1690. године, морао је да пређе на мађарску страну и повуче се, са око 30 000 српских избеглица, у Будим и Сент Андреју, мали град у близини мађарске престонице. Турци и Албанци опљачкали су и оскрнавили манастир, али и многа друга српска светилишта. Патријаршија је напуштена у другом рату са Турцима, 1737-1739., када је патријарх Арсеније IV Јовановић отишао у Срем, узевши монахе и драгоцености. Још једно рушење манастир је претрпео од стране Аслан Паша из Босне 1831. године.

Црква Светих Апостола најстарија је црква у комплексу. Највероватније је изграђена је према замисли и плановима Светог Саве. Најстарији делови су јој олтарни и поткуполни простор. Због касније градње суседних храмова, западни део није задржао првобитни изглед. Црква је грађена у камену, малтерисана и осликана споља. Фреске датирају из различитих периода. Најраније у олтару и испод куполе датирају из средине XIII века. Њихова сложеност указује на то да су Сава и Арсеније I имали утицаја на њихове теолошке садржаје. Фреске на јужном и западном зиду, које је вероватно наручио краљ Милутин, обухватају портрете Стефана Првовенчаног и Уроша I. Два пиластра и лук који спајају западни и северни травеј вероватно су насликани између 1350. и 1354. године. Убрзо након тога, јер су неке фреске пропале, простор за хор је такође био осликан. Тих година композиција Успења патријарха Јоаникија урађена је изнад његовог саркофага. 1620. Георгије Митрофановић осликао је патријарха Јована у ниши западног зида. Патријарх Пајсије делимично је финансирао обнову уништених фрески 1636. године Црква чува мошти и гробове три архиепископа, Арсенија I, Јоаникија II и Саве II.

Цркву Светог Димитрија основао је архиепископ Никодим (1317-1324). Невеликих димензија, има облик скраћеног крста са пространом куполом. Изграђена је у наизменичним слојевима од опеке и камена. Улаз је уоквирен складним каменим порталом. Фреске осликане средином XIV века су задужбина Јоаникија. Оне су обновљене почетком XVII века. Састоје се од вредних портрета цара Душана, његовог сина Уроша V и патријарха Јоаникија, а такође се истиче и композиција два српска сабора на своду у западном делу. У цркви се налазе мошти патријарха Јефрема и Саве IV.

Црква Богородице Одигитрије саграђена је уз јужну страну Светих Апостола, око 1300. године. Данило II је  надгледао цркву Светог Димитрија. Основа има облик цветног крста са октагоналном куполом коју носе четири слободно стојећа стуба. Храм је подељен на три уздужна простора. Његова два прозора на источној и јужној фасади имају одређене готске елементе. Црква је осликана 1330-их. Ктиторска композиција на западном зиду сведочи о чињеници да је Данило II такође наручио те радове.

Нартекс је подигнут од стране архиепископа Данила II почетком 1330-их, као предцрквени простор три спојена храма. Испрва је био отворен са три стране, а унутра, због великог распона, било је пет потпора због велике масе. Пошто је нартекс постепено пропадао и постајао небезбедан, лучни отвори су у обнови 1560-их зазидани. Мало је сачуваних оригиналних фрески које су красиле читав нартекс у време Данила II. Значајан је родослов династије Немањић који почиње са Немањом и завршава се краљем Душаном. Међу појединачним ликовима истиче се приказ Богородице Млекопитателнице. И фасада нартекса је некада била осликана. Пре 1375. године, изнад свог каменог престола, Свети Сава је био насликан на пиластеру на вратима Светих Апостола, али потписан као патријарх уместо архиепископ што је заправо био његов чин. Остале фреске на сводовима осликане су 1565. године, након обнове Патријаршије, коју је наручио патријарх Макарије Соколовић, 365 фигура које илуструју сваки дан календара. Међу запосленим сликарима био је монах Лонгин, најпознатији српски сликар друге половине XVI века.

Црква Светог Николе је мала црква коју је такође подигао архиепископ Данило II. То је једнобродна грађевина са тространом апсидом од опеке и камена. Свод је ојачан је луком на два пиластра. Оригиналне фреске нису преживеле. Последње осликавање цркве 1673. године наручио је патријарх Макарије. Фреске је урадио Радул, најпознатији српски сликар касних година XVII века. Ктиторска композиција на јужном зиду приказује светог Николу како патријарха Макарија приводи Исусу Христу. На северном зиду су портрети српских светитеља Симона Немање и Саве, као и архиепископа Арсенија I и Данила I.

Читава Пећка патријаршија била је опасана зидом ојачаним с пет кула, од којих је један торањ додатно утврђен. Од неких манастирских објеката преживели су само темељи. Резиденцију у задњем делу дворишта запалили су албански терористи 1981. године; обновљена је 1983. Нова резиденција у североисточном делу дворишта завршена је 1991. године.

Након што су се 1920. године објединиле епархије Српске православне цркве, митрополит Димитрије устоличен је у Пећи као први патријарх обновљене Српске патријаршије, после 1766. године. Од тада су сви изабрани патријарси свечано устоличени у овом манастиру. Пећка патријаршија је манастир под управом самог Патријарха и ослобођен од надлежности помесне епархије.